Michael Scofield bátyját, Lincoln Burrowst halálra ítélik egy olyan gyilkosság miatt, amit nem követett el. Michael a testére tetoválja a Fox River Állami Fegyintézet alaprajzát, illetve más fontos információkat egy gótikus mintába rejtve. Michaelt az otthonában látjuk, ahol épp megsemmisíti a szobájában felhalmozott információkat, elsősorban rajzokat és újságcikkeket. Ezen újságcikkek olyan emberekről szólnak, akiknek fontos szerepük lesz a szökésben: dr. Sara Tancredi – a börtön orvosa, John Abruzzi, D.B. Cooper, Lincoln Burrows. Az utóbbi Michael halálraítélt testvére, akinek kiszöktetése a végső cél. A többi emberről is éppen elég ki fog derülni a későbbi részekben, mindannyiuk segíti Michaelt a szökésben, és persze ők is vele tartanak majd. Miután elkapták bankrablás közben, Michaelt igen gyorsan elítélik. A bírónő hajlana a próbaidő felé, de amiatt, hogy veszélyes lőfegyverrel követte el a rablást, elveti ezt az ötletet. Michael kérvénye alapján a lakóhelyéhez legközelebbi büntetés-végrehajtási intézetbe helyezik, a Fox Riverbe. Első találkozása Bellickkel, az őrök főnökével, nem túl jól sül el. Ezután megismerjük cellatársát, Sucrét, aki elmondja a börtön belügyeiről, hogy Abruzzi felelős a börtönmunkáért. Abruzzi ahhoz kell, hogy Michael részt vegyen a börtönmunkákban, azonban Abruzzi elzavarja. Michael nála hagy egy origamidarut. Nemsokára Abruzzi kinti ismerősei megtudják, hogy Otto Fibonacci, aki Abruzzit börtönbe juttatta, ismét tanúskodni fog, és sok ember kerülhet ezzel rács mögé. A levélben szintén egy origamidaru van. Fibonacci igen fontos Abruzzi számára, akinek hollétéről ezek szerint Michael tud. Egy ideig Michael sakkban tarthatja Abruzzit, és engedélyt kap a börtönmunkákban való részvételre. Úgy tűnik, Michael a színlelt cukorbetegsége miatt naponta fog az orvosi rendelőbe járni dr. Tancredihez, mert az inzulin-injekciót csak az orvos adhatja be. Michael foglalkozása építészmérnök, bár ezt nem írta rá jelenléti ívére. Az intézmény igazgatója, Henry Pope egy Tádzs Mahal makettet szeretne készíteni a feleségének a júniusban elkövetkezendő 40. házassági évfordulójukra. Az építéssel gondjai akadnak, ezért kérte Michael segítségét, aki statikusként dolgozott. Felajánlja, hogy addig nem kell a többi rabbal együtt lennie, de ezt az ajánlatot Michael először visszautasítja, mert arra gondol, hogy akkor nem tudna a börtönben mozogni. Később rájön, Abruzzival való súrlódásai miatt kénytelen belemenni a dologba, ha nem akar mindjárt magánzárkába kerülni, ahol még beszélni sem tud senkivel. Paul Kellerman és Daniel Hale titkosügynökök megölik McMurrows püspököt, mert ő az egyetlen személy, aki kegyelmet adhatna Lincolnnak, és a szavaiból ítélve ez a szándéka.